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Se la reconoce por su caparazón ovalado, de color marrón o negruzco, sus distintivas pequeñas quillas sobre el segundo y tercer escudete y los puntos amarillos al lado de la cabeza (más prominentes en los ejemplares juveniles).

Como en otras especies de tortuga, existe un dimorfismo sexual apreciable en la forma del plastrón: las hembrás lo tienen plano; el de los machos se va haciendo cóncavo durante el desarrollo.

Las hembras pueden crecer hasta dos veces más que el macho: los machos alcanzan un promedio de 40 cm; y las hembras, de unos 80 cm.

Es la tortugas más grande del género Podocnemis: la más grande es Podocnemis expansa. Podocnemis unifilis es una de las llamadas «tortugas de cuello ladeado»: no esconde la cabeza en el caparazón con un movimiento derecho hasta el final de la retracción, sino que dobla el cuello después de introducirla.

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